# PDFFIT macro file for structural refinement of K-Li-Mn-O-I sample prepared 
# via aqueous route. The structure of KxMnO2 with space group R-3m 
# is used as a starting model 
# Necessary files: hyd.stru (contains the structure)
#                  hyd.pdf (contains the experimental PDF)
#
reset
read stru,hyd.stru
read data,x,25.0,0.0,hyd.pdf
#
#Lattice parameters
#
par lat[1]=p[1],1.0
par lat[2]=p[1],1.0
par lat[3]=p[2],1.0
#
# Anisotropic Thermal Factors
#
# Oxigen atoms
#
do i[1]=1,6
  par u[1,i[1]]=p[4],1.0
  par u[2,i[1]]=p[4],1.0
  par u[3,i[1]]=p[7],1.0
enddo
#
# Manganese Atoms
#
do i[1]=7,9
  par u[1,i[1]]=p[5],1.0
  par u[2,i[1]]=p[5],1.0
  par u[3,i[1]]=p[8],1.0
enddo
#
# Potasium Atoms
#
do i[1]=10,18
  par u[1,i[1]]=p[6],1.0
  par u[2,i[1]]=p[6],1.0
  par u[3,i[1]]=p[6],1.0
enddo
#
# Lithium Atoms
#
do i[1]=19,27
  par u[1,i[1]]=p[6],1.0
  par u[2,i[1]]=p[6],1.0
  par u[3,i[1]]=p[6],1.0
enddo
#
# Atomic positions for Oxygen Atoms (Wyckoff position: 6c)
# Space Group R-3m (227) Hexagonal axes
#
#1
    x[1]=0.0
    y[1]=0.0
par z[1]=0.0+p[20],1.0
#
#2
    x[2]=0.6667
    y[2]=0.3333
par z[2]=0.3333+p[20],1.0
#
#3
    x[3]=0.3333
    y[3]=0.6667
par z[3]=0.6667+p[20],1.0
#
#4
    x[4]=0.0
    y[4]=0.0
par z[4]=1.0-p[20],-1.0
#
#5
    x[5]=0.3333
    y[5]=0.6667
par z[5]=0.6667-p[20],-1.0
#6
    x[6]=0.6667
    y[6]=0.3333
par z[6]=1.3333-p[20],-1.0
#
# Occupational Parameters for K/Li Atoms
#
par o[10]=p[21],1.0
par o[11]=p[21],1.0
par o[12]=p[21],1.0
#
par o[13]=p[22],1.0
par o[14]=p[22],1.0
par o[15]=p[22],1.0
par o[16]=p[22],1.0
par o[17]=p[22],1.0
par o[18]=p[22],1.0
#
par o[19]=p[21],1.0
par o[20]=p[21],1.0
par o[21]=p[21],1.0
#
par o[22]=p[22],1.0
par o[23]=p[22],1.0
par o[24]=p[22],1.0
par o[25]=p[22],1.0
par o[26]=p[22],1.0
par o[27]=p[22],1.0
#
# Scale, Sigmaq and delta parameters 
#
par csca[1]=p[10],1.0
par qsig[1]=p[12],1.0
par delt[1]=p[14],1.0
#
# First peak broadening parameters 
#
par srat[1]=p[13],1.0
rcut[1]=2.36
#
# Initial values for the structural parameters
#
p[1]=lat[1]
p[2]=lat[3]
#
p[4]=u[1,1]
p[5]=u[1,7]
p[6]=u[1,10]
p[7]=u[3,1]
p[8]=u[3,7]
#
p[20]=z[1]
p[21]=o[10]
p[22]=0
#
# Initial values for the experimental parameters
#
p[10]=0.105629
p[12]=0.194412
p[13]=0.391008
p[14]=0.0
#
# Fittting controls: 0=no, 1=yes
#
pf[1]=1
pf[2]=1
pf[20]=1
#
pf[4]=1
pf[5]=1
pf[6]=1
pf[7]=1
pf[8]=1
#
pf[10]=1
pf[12]=1
pf[13]=1
pf[14]=0
#
pf[21]=1
pf[22]=0
#
# Optimization procedure controls
#
range 1,0.5,20.0
cyc 5
urf 100
#
run
#
save pdf,1,hyd.calc
save dif,1,hyd.dif
save stru,1,hyd_new.stru
save res,hyd.out