# PDFFIT macro file for structural refinement of 
# LiMn2O4 spinel. 
# Necessary files: spinel.stru (contains the structure)
#                  spinel.pdf (contains the experimental PDF)
#
reset
read stru,spinel.stru
read data,x,25.0,0.0,spinel.pdf
#
#Lattice parameters
#
par lat[1]=p[1],1.0
par lat[2]=p[1],1.0
par lat[3]=p[1],1.0
#
# Isotropic Thermal Factors
#
# Oxigen atoms
#
do i[1]=1,32
  par u[1,i[1]]=p[4],1.0
  par u[2,i[1]]=p[4],1.0
  par u[3,i[1]]=p[4],1.0
enddo
#
# Lithium Atoms
#
do i[1]=33,40
  par u[1,i[1]]=p[5],1.0
  par u[2,i[1]]=p[5],1.0
  par u[3,i[1]]=p[5],1.0
enddo
#
# Manganese Atoms
#
do i[1]=41,56
  par u[1,i[1]]=p[6],1.0
  par u[2,i[1]]=p[6],1.0
  par u[3,i[1]]=p[6],1.0
enddo
#
# Atomic positions for Oxygen Atoms (Wyckoff position: 32e)
# Space Group Fd-3m (227) Origin Choice 1
#
#1
#
  par x[1]=p[3],1.0
  par y[1]=p[3],1.0
  par z[1]=p[3],1.0 
#2
  par x[2]=0.0-p[3],-1.0
  par y[2]=0.5-p[3],-1.0
  par z[2]=0.5+p[3],1.0
#3
  par x[3]=0.5-p[3],-1.0
  par y[3]=0.5+p[3],1.0
  par z[3]=0.0-p[3],-1.0
#4
  par x[4]=0.5+p[3],1.0
  par y[4]=0.0-p[3],-1.0
  par z[4]=0.5-p[3],-1.0
#5
  par x[5]=0.75+p[3],1.0
  par y[5]=0.25+p[3],1.0
  par z[5]=0.75-p[3],-1.0
#6
  par x[6]=0.25-p[3],-1.0
  par y[6]=0.25-p[3],-1.0
  par z[6]=0.25-p[3],-1.0
#7
  par x[7]=0.25+p[3],1.0
  par y[7]=0.75-p[3],-1.0
  par z[7]=0.75+p[3],1.0
#8
  par x[8]=0.75-p[3],-1.0
  par y[8]=0.75+p[3],1.0
  par z[8]=0.25+p[3],1.0
#9
  par x[9]=0.0+p[3],1.0
  par y[9]=0.5+p[3],1.0
  par z[9]=0.5+p[3],1.0
#10
  par x[10]=0.5+p[3],1.0
  par y[10]=0.5+p[3],1.0
  par z[10]=0.0+p[3],1.0
#11
  par x[11]=0.5+p[3],1.0
  par y[11]=0.0+p[3],1.0
  par z[11]=0.5+p[3],1.0
#12
  par x[12]=0.0-p[3],-1.0
  par y[12]=0.0-p[3],-1.0
  par z[12]=0.0+p[3],1.0
#13
  par x[13]=0.5-p[3],-1.0
  par y[13]=0.0-p[3],-1.0
  par z[13]=0.5+p[3],1.0
#14
  par x[14]=0.5-p[3],-1.0
  par y[14]=0.5-p[3],-1.0
  par z[14]=0.0+p[3],1.0
#15
  par x[15]=0.5+0.5-p[3],-1.0
  par y[15]=0.5+0.5+p[3],1.0
  par z[15]=0.0+0.0-p[3],-1.0
#16
  par x[16]=0.5+0.5-p[3],-1.0
  par y[16]=0.0+0.5+p[3],1.0
  par z[16]=0.5+0.0-p[3],-1.0
#17
  par x[17]=0.0+0.5-p[3],-1.0
  par y[17]=0.5+0.5+p[3],1.0
  par z[17]=0.5+0.0-p[3],-1.0
#18
  par x[18]=0.5+0.5+p[3],1.0
  par y[18]=0.5+0.0-p[3],-1.0
  par z[18]=0.0+0.5-p[3],-1.0
#19
  par x[19]=0.5+0.5+p[3],1.0
  par y[19]=0.0+0.0-p[3],-1.0
  par z[19]=0.5+0.5-p[3],-1.0
#20
  par x[20]=0.0+0.5+p[3],1.0
  par y[20]=0.5+0.0-p[3],-1.0
  par z[20]=0.5+0.5-p[3],-1.0
#21
  par x[21]=0.5+0.75+p[3],1.0
  par y[21]=0.5+0.25+p[3],1.0
  par z[21]=0.0+0.75-p[3],-1.0
#22
  par x[22]=0.5+0.75+p[3],1.0
  par y[22]=0.0+0.25+p[3],1.0
  par z[22]=0.5+0.75-p[3],-1.0
#23
  par x[23]=0.0+0.75+p[3],1.0
  par y[23]=0.5+0.25+p[3],1.0
  par z[23]=0.5+0.75-p[3],-1.0
#24
  par x[24]=0.5+0.25-p[3],-1.0
  par y[24]=0.5+0.25-p[3],-1.0
  par z[24]=0.0+0.25-p[3],-1.0
#25
  par x[25]=0.5+0.25-p[3],-1.0
  par y[25]=0.0+0.25-p[3],-1.0
  par z[25]=0.5+0.25-p[3],-1.0
#26
  par x[26]=0.0+0.25-p[3],-1.0
  par y[26]=0.5+0.25-p[3],-1.0
  par z[26]=0.5+0.25-p[3],-1.0
#27
  par x[27]=0.5+0.25+p[3],1.0
  par y[27]=0.5+0.75-p[3],-1.0
  par z[27]=0.0+0.75+p[3],1.0
#28
  par x[28]=0.5+0.25+p[3],1.0
  par y[28]=0.0+0.75-p[3],-1.0
  par z[28]=0.5+0.75+p[3],1.0
#29
  par x[29]=0.0+0.25+p[3],1.0
  par y[29]=0.5+0.75-p[3],-1.0
  par z[29]=0.5+0.75+p[3],1.0
#30
  par x[30]=0.5+0.75-p[3],-1.0
  par y[30]=0.5+0.75+p[3],1.0
  par z[30]=0.0+0.25+p[3],1.0
#31
  par x[31]=0.5+0.75-p[3],-1.0
  par y[31]=0.0+0.75+p[3],1.0
  par z[31]=0.5+0.25+p[3],1.0
#32
  par x[32]=0.0+0.75-p[3],-1.0
  par y[32]=0.5+0.75+p[3],1.0
  par z[32]=0.5+0.25+p[3],1.0
#
# Scale, Sigmaq and delta parameters 
#
par csca[1]=p[10],1.0
par qsig[1]=p[11],1.0
par delt[1]=p[12],1.0
#
# Initial values for the structural parameters
#
p[1]=lat[1]
p[4]=u[1,1]
p[5]=u[1,33]
p[6]=u[1,41]
p[3]=x[1]
#
# Initial values for the experimental parameters
#
p[10]=0.1654
p[11]=0.0431
p[12]=0.2899
#
range 1,0.5,30.0
run
#
# Saving the results
#
save pdf,1,spinel.calc
save dif,1,spinel.dif
save stru,1,spinel_new.stru
save res,spinel.out